公元2059年，航行中的Macross Frontier迎来了偶像歌手Sheryl Nome举办的银河巡回演唱会的最后一场
少女兰花·李去看偶像的演唱会……在宇宙中，Macross Frontier突然遭到了身份不明的宇宙怪兽的攻击
兰花的兄长欧兹玛·李受命率领S.M.S的VF-25紧急迎战，可是新统合军仍然节节败退。
并且有宇宙怪兽突破了防线，攻入殖民卫星内部，威胁着少女兰花的生命
这时候，在飞行候补生早乙女的面前有一架受损的VF-25战机……